La Comisión Permanente es el órgano de gobierno de la Conferencia, está encargado de ejecutar los acuerdos de la Asamblea General y de proponer y gestionar iniciativas relativas a los fines prioritarios de la CODDII, establecidos en sus estatutos.
La Comisión Permanente estará formada por el Presidente y veinticuatro vocales, distribuidos de forma que se garantice el siguiente número de representantes por Comunidad Autónoma y tipo de universidad: un representante de centros de universidades públicas de las comunidades de Galicia, Asturias, Cantabria, País Vasco, Aragón, Rioja, Navarra, Castilla y León, Extremadura, Castilla La Mancha, Murcia, Baleares y Canarias; dos representantes de las comunidades de Cataluña, Comunidad Valenciana, Andalucía y Madrid; dos representantes de universidades privadas y un representante de universidades no presenciales.
La Comisión Permanente para el periodo 2025-2027 está compuesta por los siguientes miembros:
- Manuel Nicolás Enciso García-Oliveros, Universidad de Málaga (Presidente)
- Rafael Guirado Clavijo, Universidad de Almería
- Luis Lafuente Molinero, Universidad de Cádiz
- José Antonio Yagüe Fabra, Universidad de Zaragoza
- Mª José Suárez Cabal, Universidad de Oviedo
- Cristina Manresa Yee, Universitat de les Illes Balears
- José Luis Vicedo González, Universidad de Alicante
- Reyes Grangel Seguer, Universitat Jaume I
- Modesto Castrillón Santana, Universidad de Las Palmas de Gran Canaria
- Pablo Sánchez Barreiros, Universidad de Cantabria
- Crescencio Bravo Santos, Universidad de Castilla-La Mancha
- Ana Belén Gil González, Universidad de Salamanca
- Alejandra Martínez Monés, Universidad de Valladolid
- Magda Valls Marsal, Universitat de Lleida
- Anna Rio Doval, Universitat Politècnica de Catalunya
- Pedro José Pardo Fernández, Universidad de Extremadura
- Mariano Javier Cabrero Canosa, Universidade da Coruña
- Ángel Luis Rubio García, Universidad de La Rioja
- Sergio Caro Álvaro, Universidad de Alcalá
- José Manuel Colmenar Verdugo, Universidad Rey Juan Carlos
- Antonio Flores Gil, Universidad de Murcia
- Aránzazu Jurío Munárriz, Universidad Pública de Navarra
- Andoni Eguiluz Morán, Universidad de Deusto
- Nerea Ezeiza Ramos, Universidad del País Vasco / Euskal Herriko Unibertsitatea
- Rafael Pastor Vargas, Universidad Nacional de Educación a Distancia
