La Comisión Permanente es el órgano de gobierno de la Conferencia, está encargado de ejecutar los acuerdos de la Asamblea General y de proponer y gestionar iniciativas relativas a los fines prioritarios de la CODDII, establecidos en sus estatutos.
La Comisión Permanente estará formada por el Presidente y veinticuatro vocales, distribuidos de forma que se garantice el siguiente número de representantes por Comunidad Autónoma y tipo de universidad: un representante de centros de universidades públicas de las comunidades de Galicia, Asturias, Cantabria, País Vasco, Aragón, Rioja, Navarra, Castilla y León, Extremadura, Castilla La Mancha, Murcia, Baleares y Canarias; dos representantes de las comunidades de Cataluña, Comunidad Valenciana, Andalucía y Madrid; dos representantes de universidades privadas y un representante de universidades no presenciales.
La Comisión Permanente para el periodo 2020-2022 está compuesta por los siguientes miembros:
- Javier Soriano Camino, Universidad Politécnica de Madrid [Presidente]
- David Losada Carril, Universidade de Santiago de Compostela
- Fernando Álvarez García, Universidad de Oviedo
- Francisco Matorras Weinig, Universidad de Cantabria
- Alexander Mendiburu Alberro, Euskal Herriko Unibertsitatea
- Miguel Pagola Barrio, Universidad Pública de Navarra
- Ángel Luis Rubio García, Universidad de La Rioja
- José Antonio Yagüe Fabra, Universidad de Zaragoza
- Marta Fort Masdevall, Universitat de Girona
- Ramón Vilanova Arbos, Universitat Autònoma de Barcelona
- Miguel Ángel de la Casa Lillo, Universitat Miguel Hernández
- Francisco Grimaldo Moreno, Universitat de València
- Antonio Flores Gil, Universidad de Murcia
- Miguel Ángel García Cumbreras, Universidad de Jaén
- José Luis Sevillano Ramos, Universidad de Sevilla
- Pedro José Pardo Fernández, Universidad de Extremadura
- Ana Belén Gil González, Universidad de Salamanca
- José Miguel Puerta Callejón, Universidad de Castilla-La Mancha
- Eva García López, Universidad de Alcalá
- José Daniel García Sánchez, Universidad Carlos III de Madrid
- Jesús Alberto González Martínez, Universidad de La Laguna
- Carlos Guerrero Tomé, Universitat de les Illes Balears
- Alfonso José López Rivero, Universidad Pontificia de Salamanca
- Asier Perallos Ruiz, Universidad de Deusto
- Rafael Pastor Vargas, UNED